جدير بالذكر أن المتهمين في القضية واجهوا تهم تولي قيادة خلية إرهابية بغرض استهداف السفن المارة بقناة السويس، وتصنيع الصواريخ لتنفيذ أغراضهم، ورصد المقار الأمنية تمهيداً لاستهدافها، إضافة إلى تصنيع المواد المتفجرة وحيازة أسلحة نارية وبنادق آلية ومفرقعات وذخائر.
وأكدت التحقيقات أن المتهمين قاموا بالدعوة لتكفير المجتمع والخروج عليه والاعتداء على أفراد القوات المسلحة والشرطة والمسيحيين ودور عبادتهم، واستحلال أموالهم وممتلكاتهم، واستهداف السائحين الأجانب، وكذلك المنشآت العامة والبترولية والأجنبية.