درس الأمير محمد مراحل التعليم الابتدائية والمتوسطة والثانوية بمعهد العاصمة في الرياض، ثم درس المرحلة الجامعية بالولايات المتحدة، وحصل على بكالوريوس في العلوم السياسية عام 1981م، كما خاض عدة دورات عسكرية متقدمة داخل وخارج المملكة تتعلق بمكافحة الإرهاب.
صدر أمر ملكي في مايو 1999م بتعيينه مساعدًا لوزير الداخلية للشؤون الأمنية بالمرتبة الممتازة، ومددت خدماته لمدة أربع سنوات قبل أن يصدر أمر ملكي آخر بتعيينه مساعداً لوزير الداخلية للشؤون الأمنية بمرتبة وزير في عام 2005م.
عُين في نوفمبر من عام 2012م وزيرا للداخلية خلفا للأمير أحمد بن عبدالعزيز الذي كان أعفي من منصبه بناء على طلبه.
تجدر الإشارة إلى أن الأمير محمد بن نايف كان قد تعرض في 27 أغسطس 2009 لمحاولة اغتيال من قبل مطلوب ادعى أنه يرغب بتسليم نفسه، حيث قام بتفجير نفسه بواسطة هاتف جوال وتناثر جسد المنتحر إلى أشلاء، فيما أصيب الأمير محمد بجروح طفيفة.
(
(
