وفي الثلاثينات، قرر النظام العلماني الذي أسسه كمال أتاتورك وقف الاستخدام الديني لهذا البناء، وتحويله إلى متحف. لكن منذ انتخاب الرئيس رجب طيب أردوغان بدأت المخاوف لدى مناصري العلمانية من احتمال إعادة تحويل أيا صوفيا إلى مسجد.

وبمناسبة رمضان، بدأت قناة «ديانة» العامة تبث بشكل مباشر يومياً آيات من القرآن الكريم من أيا صوفيا. وأثارت هذه المبادرة رد فعل غاضباً في اليونان الأرثوذكسية، التي تعرب منذ سنوات عن القلق من تزايد «أسلمة» أيا صوفيا.

وأصدرت الخارجية اليونانية بيانا قالت فيه «إن هذا النوع من الهوس – الذي يصل حد التعصب – بإقامة شعائر إسلامية في صرح يعود إلى تراث البشرية غير مفهوم».