كما اعتمد العيسى تكوين مجلس لإدارة المركز برئاسة وزير التعليم، ووكيل التعليم للبنين نائباً للرئيس وعضواً، وعضوية وكيل الوزارة للتعليم في قطاع البنات، ووكيل الوزارة للشؤون المدرسية، وممثل لشركة تطوير التعليم القابضة، وممثل لتقنية المعلومات، وأمين ومقرر لجنة رفع قيمة التعليم والتعلم، إضافة إلى ممثل للإعلام، وممثل للمعلمين ، وممثل للمعلمات، ومدير المشروع.

وأشار نص القرار إلى اعتبار مجلس الإدارة هو السلطة العليا للمركز ويتولى الإشراف العام على أعماله ونشاطاته ويحق له اعتماد السياسات العامة للمركز والهيكل التنظيمي وإقرار لوائح العمل بالمركز وإقرار خطط المركز وبرامجه وأنشطته، وإقرار الخطط العامة لتنمية الموارد المالية واعتماد أسلوب التنفيذ والشراكات ونطاقات العمل، ومراجعة واعتماد التقرير السنوي والحساب الختامي للمركز واعتماد وتوقيع مذكرات التفاهم واتفاقيات التعاون والشراكة .

ولمجلس الإدارة الاستعانة بمن يراه من لجان وخبراء واستشاريين حسب الحاجة على أن يتم اسناد المشروع إلى شركة تطوير التعليم القابضة لتنفيذ المشروع بمشاركة فريق عمل من وزارة التعليم، ولها على وجه الخصوص اعداد السياسات العامة والهيكل التنظيمي ولوائح العمل بالمركز، وإعداد خطط المركز وبرامجه وأنشطته، وإعداد الخطط العامة لتنمية الموارد المالية، واقتراح أسلوب التنفيذ والشراكات وإعداد نطاقات العمل ، ومراجعة الأنظمة الإلكترونية الحالية بالوزارة وإمكانية الاستفادة منها للخروج بنظام إلكتروني للمركز متوافق مع المتطلبات ، وإعداد مذكرات التفاهم واتفاقيات التعاون والشراكة وتشغيل وإدارة المركز إضافة إلى ما تكلف به الشركة من أعمال من مجلس إدارة المركز .