ويتولى المركز مهام مراقبة الوضع الصحي في المنطقة بشكل دائم، وضمان سلامة البيئة الصحية فيها من الأمراض الوبائية بشكلٍ خاص، والتحضير المسبق للوقاية منها، ورصد ومتابعة بيانات الأمراض، والاستجابة والتنسيق مع المركز الرئيس للتدخل السريع، بهدف السيطرة عليها مبكراً في حال حدوثها، والقضاء عليها قبل تفشيها.